Ideja o pokretanju katoličkog sveučilišta u Hrvatskoj postoji od kad postoji i samostalna hrvatska država. Republika Hrvatska osamostaljuje se nakon raspada Jugoslavije 1991. godine te se u kulturnim, crkvenim, intelektualnim krugovima u Hrvatskoj razmišlja o pokretanju katoličkog sveučilišta. No rat za neovisnost Hrvatske, poslijeratna obnova i teško poslijeratno ekonomsko i socijalno stanje odgađa tu zamisao do sredine prvog desetljeća novog tisućljeća.
Hrvatsko katoličko sveučilište, jedno od najmlađih hrvatskih sveučilišta, utemeljeno je dana 3. lipnja 2006. godine Dekretom o osnivanju Hrvatskog katoličkog sveučilišta sa sjedištem u Zagrebu br. 1273/2006. (dalje u tekstu: Dekret o osnivanju) kardinala Josipa Bozanića, zagrebačkog nadbiskupa i metropolita. U radu Povjerenstva za osnivanje Hrvatskoga katoličkog sveučilišta sudjelovalo je pet članova: Ivan Šaško, predsjednik, Gordan Črpić, Vlado Šakić, Ivan Koprek, Maja Štambuk.
Budući da je riječ o mladom sveučilištu, razvoj i glavne događaje možemo podijeliti u dva razdoblja: osnivanje (od 2004. do 2010.) i početak rada Sveučilišta (od 2010. do danas), za koje ćemo naznačiti ključne događaje:
Na XXIX. plenarnom zasjedanju Hrvatske biskupske konferencije u Zadru dana 12. listopada 2004. godine donesena je odluka o osnivanju katoličkog sveučilišta u Zagrebu, a Zagrebačkoj nadbiskupiji povjerena je misija da pod pokroviteljstvom Hrvatske biskupske konferencije realizira tu inicijativu.
Zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić dana 6. siječnja 2005. godine imenuje Povjerenstvo za osnivanje katoličkog sveučilišta u Zagrebu sa zadatkom da osmisli i pripremi osnutak katoličkog sveučilišta u Zagrebu, a 7. siječnja iste godine imenuje pet članova Povjerenstva. Povjerenstvo svoj zadatak dovršava 3. lipnja 2006. godine, kada zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić Dekretom o osnivanju Hrvatskoga katoličkog sveučilišta sa sjedištem u Zagrebu br. 1273/2006. i Instrukcijom za osnivanje Hrvatskog katoličkog sveučilišta br. 1273-2/2006. utemeljuje Hrvatsko katoličko sveučilište. Privremenim rektorom imenovan je prof. dr. sc. Ivan Šaško, profesor Katoličkog bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Godine 2008. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa izdalo je Sveučilištu dopusnice za izvođenje studija psihologije, povijesti i sociologije.
Nastava na preddiplomskom sveučilišnom studiju povijesti započinje u ak. god. 2010./2011.
U rujnu 2011. Osnivač privremenim rektorom imenuje prof. dr. sc. Željka Tanjića budući da je mons. dr. sc. Ivan Šaško u međuvremenu postao pomoćni biskup zagrebački. Prof. dr. sc. Željko Tanjić izabran je za rektora u prvom mandatu 2016. godine i u drugom mandatu 2020. godine.
Nastava na preddiplomskom sveučilišnom studiju psihologije i sociologije počinje u ak. god. 2012./2013.
Nastava na diplomskom sveučilišnom studiju povijest počinje ak. god. 2013./2014.
U ožujku 2013. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta izdalo je Sveučilištu Dopusnice za izvođenje studija povijesti, sociologije i psihologije.
Prvi prvostupnici preddiplomskog sveučilišnog studija povijesti promovirani su 15. ožujka 2014. godine.
U srpnju 2014. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta Sveučilištu izdalo je Hrvatskom katoličkom sveučilištu Dopusnicu za obavljanje znanstvene djelatnosti u znanstvenom području društvenih i humanističkih znanosti.
U ožujku 2015. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta Sveučilištu izdalo je Hrvatskom katoličkom sveučilištu Dopusnice za izvođenje preddiplomskog i diplomskog sveučilišnog studija komunikologije.
Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta izdalo je u listopadu 2015. Hrvatskom katoličkom sveučilištu Dopusnicu za obavljanje znanstvene djelatnosti u znanstvenom području biomedicina i zdravstvo, a u studenom 2015. Dopusnice za izvođenje preddiplomskog i diplomskog sveučilišnog studija sestrinstvo.
U akademskoj godini 2015./2016. počinje izvođenje nastave na studiju komunikologije i studiju sestrinstva.
U listopadu 2019. godine, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta, Hrvatskom katoličkom sveučilištu izdaje Dopusnicu za izvođenje studijskog programa dvopredmetnog preddiplomskog sveučilišnog studija povijesti.
Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta u rujnu 2020., Hrvatskom katoličkom sveučilištu izdaje Dopusnicu za izvođenje dvopredmetnog diplomskog sveučilišnog studija sociologije.
Ministarstvo znanosti i obrazovanja izdalo je u lipnju 2020. Hrvatskom katoličkom sveučilištu Dopusnicu za izvođenje studijskog programa integriranog preddiplomskog i diplomskog sveučilišnog studija Medicina.
Na Hrvatskom katoličkom sveučilištu od akademske godine 2019./2020. na temelju Dopusnica Ministarstva znanosti i obrazovanja izvode se dva poslijediplomska sveučilišna (doktorska) studija iz područja humanističkih i društvenih znanosti: poslijediplomski sveučilišni studij Povijest i Poslijediplomski sveučilišni studij Sociologija: vrijednosti, identitet i društvene promjene u hrvatskome društvu.
Hrvatsko katoličko sveučilište 2016. godine dodijelilo je prvi počasni doktorat kardinalu Gerhardu Ludwigu Mülleru.
Od 2012. godine prigodom obilježavanja Dana Hrvatskog katoličkog sveučilišta, lectio magistralis su održali:
- kardinal Raffaele Farina, 2013. kardinal Péter Erdő, 2014. kardinal Zenon Grocholewski, 2015. kardinal George Pell, 2016. kardinal Robert Sarah, 2017. kardinal Pietro Parolin te 2019. prof. dr. sc. Isabel Maria de Oliveira Capeloa Gil, rektorica Portugalskog katoličkog sveučilišta i predsjednica Međunarodne federacije katoličkih sveučilišta.